L'insegnamento della botanica a Pavia iniziò nel 1546, nell'ambito degli studi medici come " lettura dei semplici", cioè come descrizione delle piante officinali utilizzate come componenti de ricette farmaceutiche.
Nel 1773, grazie all'opera di persuasione delle autorità svolta daò botanico Fulgenzio Vitmann, l'Orto Botanico fu istituito nella sede attuale.
Sotto la direzione di Giovanni Antonio Scopoli l'Orto assunse un assetto simile a quello attuale e divenne comparabile agli orti botanici più famosi dell'epoca. Scopoli fu un infaticabile raccoglitore di materiale botanico, concluse acquisti e scambi in tutta Europa.
Il giardino venne in seguito rimodellato sull'esempio dei parchi delle ville lombarde dei sec. XVII e XVIII.
Dal 1996 l'Orto è legato al Dipartimento di Ecologia del Territorio e degli Ambienti Terrestri e costituisce lo strumento di cui i ricercatori si valgono per la didattica e la coltivazione delle piante.
